Mahkeme, anayasaya göre uyulması zorunlu AYM kararına rağmen Atalay'ın durumunu hükme bağlamadı. Beş gündür beklettiği AYM kararını mahkeme başkanı imzalı yazıyla Yargıtay'a gönderdi. Yazıda, AYM kararının Atalay'ın tahliyesiyle ilgili olduğu, tahliye talebini reddeden Yargıtay'ın konuyu karara bağlaması gerektiği belirtildi. AYM kararının 25 Ekim tarihli olmasına rağmen yazının 13 Ekim tarihini taşıması dikkati çekti. AYM, Atalay'ın başvurusunu 12 Ekim'de görüşmeyi kararlaştırmış, daha sonra görüşmeyi 25 Ekim'e ertelemişti. Yazının tarihi bu nedenle, "Önceden mi hazırlandı?" tartışması yarattı.
Anasaya Mahkemesi'nin (AYM) hak ihlali kararına rağmen Can Atalay’ı tahliye etmeyerek dosyayı Yargıtay'a gönderdi. İhlalin Yargıtay kararından kaynaklandığını öne süren mahkeme, bu nedenle Atalay hakkındaki karar vermesi gereken mercinin Yargıtay olduğunu belirtti. Üst yazıda "Yargıtay 3. Ceza Dairesince yeni bir değerlendirme yapılmasının zorunlu olduğu anlaşıldığından dosya, Cumhuriyet Başsavcılığınıza gönderilmiştir" denildi. İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi, Anayasa Mahkemesi’nin TİP Hatay Milletvekili Can Atalay'a ilişkin verdiği hak ihlali kararını uygulamayarak, kararı Yargıtay 3. Ceza Dairesi'ne gönderdi. İhlalin Yargıtay kararından kaynaklandığını savunan mahkeme, karar vermesi gereken mercinin Yargıtay olduğunu öne sürdü. Anayasa Mahkemesi, Atalay'ın bireysel başvurusunu 25 Ekim'de görüşerek seçilme ve siyasi faaliyette bulunma hakkı ile kişi hürriyeti ve güvenliği hakkının ihlaline karar vermişti. Atalay'a 50 bin TL tazminat ödenmesini de kararlaştıran AYM, ihlalin sonuçlarının ortadan kaldırılması için kararın örneğini İstanbul 13. Ceza Mahkemesi'ne göndermişti.
Yüksek Mahkeme, 13. Ağır Ceza'dan yeniden yargılama kararı vermesi, Can Atalay'ın infazını durdurmasını, tahliye kararı ve yargılamada durma kararı vermesini istemişti. 25 Ekim'den bu yana yerel mahkemenin Can Atalay kararını uygulaması bekleniyordu. Ancak İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi, bu akşam saatlerinde bir üst yazı yazıp dosyayı Cumhuriyet Başsavcılığı’na göndererek AYM kararına uymadı.
“Yeni bir değerlendirme yapılmasının zorunlu olduğu anlaşılmıştır”
Üst yazıda, “Anayasa Mahkemesince verilen bireysel başvuruya konu ihlal kararı Mahkememizin kararına ilişkin olmayıp, Yargıtay ilgili Ceza Dairesince verilen tahliye talebinin reddi kararına ilişkin olduğu, dosyanın ilgili Daire önünde bulunduğu sırada başvurucunun milletvekili seçildiği ve bireysel başvuruya konu ihlalin bu Dairenin kararından kaynaklandığı, ayrıca bireysel başvuru yapıldıktan sonra ilgili Ceza Dairesince dosyanın esastan incelendiği ve karara bağlandığı, bu sebeple oluşan yeni hukuki durum karşısında Yargıtay 3. Ceza Dairesince yeni bir değerlendirme yapılmasının zorunlu olduğu anlaşıldığından dosya Cumhuriyet Başsavcılığınıza gönderilmiştir” denildi.
25 Ekim tarihli AYM kararı için 13 Ekim tarihli kararın paylaşılması ve kararın UYAP’a yüklenmemesi ise dikkat çekti.