Boğaziçi Üniversitesi Öğrenci Temsilciliği Kurulu'nun (ÖTK) söyleşi yaptığı Acemoğlu, rektör atamalarının batıdaki üniversitelerde nasıl yapıldığı sorusuna, "Seçim ya da atama ekseninde tartışmak yanlış. Buradaki problem siyasi atama mı, yoksa belli bir akademik sürecin içinde bir komite tarafından yapılan atama mı olduğu. Amerika'da ve Avrupa'da rektörler belli bir akademik komitenin ve mütevelli heyetinin yaptığı atamalar sonucu geliyor. Yani bu atamaların politik bir anlamı yok" cevabını verdi.
Acemoğlu, sözlerine şöyle devam etti:
"Burada sorun bir tek Boğaziçi için değil. YÖK'ün (Yükseköğretim Kurulu) yapısında problem var. Türkiye'de son 15 yıl içinde bilimin özerkliğini kaybetmesi var.
"Üniversite sektörüne baktığınızda Türkiye'nin problemi, üniversitelerin bilime yaptıkları katkı ve öğrencileri yetiştirme konusundaki atılan önemli adımların geri çekilmesi. Türkiye'de bilimin ilerlemesi için üniversitelerin ve öğrencilerin bağımsız ve özerk olmaları lazım. Herhangi bir yerde siyasi atama yaptığınız zaman buranın bağımsızlığını, özerkliğini kaybetmiş oluyorsunuz. Üniversiteler için siyasi atamanın bedeli çok yüksek olur, Türkiye'deki bilimin geri gitmesi bunun bir sonucu olur."