Aliyev "İran'ın hesap vermesi" çağrısı yaptı.
Azerbaycan Savcılığı da bölgenin" İran İslam Cumhuriyeti topraklarından gelen bir saldırıya uğradığı" vurgulandı.
İran ordusu ise Nahçıvan'ın hedef alınmadığını savundu ve İsrail suçlandı.
Açıklamada "Siyonist rejimin Müslüman ülkeler arasındaki ilişkileri çeşitli şekillerde bozmayı amaçlayan bu tür eylemleri daha önce de yaşanmıştır" ifadeleri kullanıldı.
Saldırıda iki sivilin yaralandığı ve durumlarının iyi olduğu açıklanmıştı.
Dışişleri Bakanı Ceyhun Bayramov ülkesinin misilleme hakkını saklı tuttuğunu söyledi.
Azerbaycan Savunma Bakanlığı da olayın tüm sorumluluğunun İran'a ait olduğunu ve gerekli karşılık için hazırlık yapıldığını söyledi.
Bakanlık açıklamasında, "Bu saldırganlık eylemleri cevapsız kalmayacak" denildi.
BBC Azerbaycanca Servisi'nin aktardığına göre, saldırıda havalimanında "ciddi hasar" meydana geldi.
APA muhabiri pistte hasar olduğunu aktardı ve "İHA'nın enkazı piste düştü ve asfaltta hasara yol açtı" dedi.
Azerbaycan Savcılığı da havaalanındaki faaliyetlerin "kasten ve kanun dışı bir şekilde" durdurulduğunu savundu.
BBC'nin doğrulama servisi BBC Verify, saldırılarla ilgili iki videoyu teyit etti.
Videolardan birinde, Nahçıvan Uluslararası Havalimanı binasından yükselen duman ve itfaiyecilerin yangınla mücadele ettiği görülüyor.
İlk saldırının hemen ardından havalimanı otoparkında çekilen ikinci bir görüntüde de ikinci İHA'nın Şakarabad köyü yakınlarına düşerek patladığı görülüyor.
İsrail ile yakın ilişkilerini gizlemeyen Azerbaycan, geçen yıl ABD ile bir stratejik ittifak anlaşması imzaladı.
İran'da ayrıca milyonlarca Azeri yaşıyor. BBC Azerbaycanca, İran Azerilerinin haklarının savunulması konusunda Bakü'de tartışmalar olduğunu aktarıyor.
Tahran, İsrail ve ABD'nin saldırılarını başlattığı 28 Şubat'tan bu yana bölgedeki en az 10 ülkeye saldırı düzenledi.
Bunlar arasında Kıbrıs, Irak, Suudi Arabistan ve Birleşik Arap Emirlikleri de bulunuyor.
Bu saldırılarda genel olarak ABD üsleri ve diplomatik temsilcilikleri hedef alındı.